Κύθηρα έχει περίπου 65 χωριά και οικισμούς.
Τα Μητάτα, ένα ιδιαίτερα όμορφο χωριό, σχεδόν στο κέντρο του νησιού και σε θέση περίοπτη, καθώς βρίσκεται στο υψηλότερο κομμάτι του φαραγγιού. Η θέα από την πλατεία του χωριού είναι καταπληκτική. Στην πλατεία θα βρείτε το καφενείο του χωριού, το οποίο λειτουργεί και ως εστιατόριο. Aξίζει να επισκεφτείτε τις πηγές του χωριού, καθώς και το αντικρινό χωριό των Βιαραδίκων με την γνωστή στους Κυθήριους πηγή του Αι Γιάννη.
Ο Μυλοπόταμος, είναι ένα από τα πλέον παραδοσιακά χωριά των Κυθήρων, χαρακτηρίζεται επίσης από την πλούσια βλάστηση και τα δροσερά τρεχούμενα νερά. Το καλοκαίρι εντούτοις, αποτελεί πόλο έλξης για τους τουρίστες, κυρίως γιατί είναι το μόνο χωριό που συγκεντρώνει τόσες δραστηριότητες και αξιοθέατα. Το καφενείο και η πλατεία του χωριού με το άτρωτο από τις κακουχίες πλατάνι, οι καταρράχτες, οι νερόμυλοι, η Κάτω Χώρα Μυλοποτάμου και τέλος το Σπήλαιο Αγίας Σοφίας είναι κάποια από τα αξιοθέατα του χωριού. Πρέπει να επισημάνουμε ότι στο φαράγγι το οποίο καταλήγει στη παραλία Καλάμι, λειτουργούσαν μέχρι και τα μέσα της δεκαετίας του 1950 εικοσιτέσσερις νερόμυλοι. Το νερό του ρυακιού, με την βοήθεια φράγματος και υδρορροών τροφοδοτούσε τους μύλους και αυτοί με την σειρά τους κάλυπταν ένα μεγάλο μέρος από τις ανάγκες του νησιού για αλεύρι.
Ο Καραβάς, ένα πανέμορφο, καταπράσινο, και γαλήνιο χωριό χτισμένο ανάμεσα σε λόφους. Κοντά στην εκκλησία του χωριού βρίσκεται το καφενείο όπου μπορείτε να σταματήσετε για ένα καφέ. Επίσης το café του Αμήρ Αλή, προτείνεται ανεπιφύλακτα κυρίως λόγω της προνομιακής του θέσης. Αξίζει φυσικά να περπατήσετε παράλληλα με το ρυάκι, καθώς επίσης και να επισκεφτείτε τους εγκαταλελειμμένους οικισμούς του χωριού. Σε κοντινή απόσταση από τον Καραβά βρίσκεται η Πλατειά Άμμος, ενώ θα πρέπει να περπατήσετε για να δείτε τον περίφημο φάρο Μουδαρίου.
Η Χώρα, η πρωτεύουσα των Κυθήρων, με τα γραφικά στενά σοκάκια, το επιβλητικό και ανακατασκευασμένο ενετικό κάστρο, είναι το πλέον δημοφιλές χωριό των Κυθήρων. Πρέπει να την επισκεφτείτε, να την περπατήσετε, να θαυμάσετε την αρχιτεκτονική των παλαιών σε μεγάλο ποσοστό κτιρίων, να θαυμάσετε την θέα του Καψαλιού από το Belvedere.
Ο Αβλέμονας θεωρείται το πιο γραφικό παραθαλάσσιο χωριουδάκι, ιδανικό για περιπάτους με φόντο την θάλασσα και τα γραφικά λιμανάκια του. Χωριό πολύ δημοφιλή κατά την διάρκεια των καλοκαιρινών μηνών, με σημεία αναφοράς το ηλιακό ρολόι στο περίφημο οίκημα της οικογένειας Cavalini , καθώς επίσης και το αγγλικό παρατηρητήριο στο δεύτερο λιμανάκι του Αβλέμονα. Τέλος μην παραλείψετε να επισκεφτείτε το ενετικό κάστρο, Castello.
Ο Ποταμός, εμπορικό κέντρο και κεφαλοχώρι, γνωστός για το Κυριακάτικο παζάρι του που συνεχίζεται ατέρμονα επί σειρά ετών, είναι ένα από τα πλέον σημαντικά χωριά των Κυθήρων. Σημείο αναφοράς το Μουσικό καφενείο Αστίκον, με όνομα εμπνευσμένο από το αγγλικό σχολείο της περιοχής, έχει γίνει πλέον γνωστό για τα γνωστά συγκροτήματα που κατά καιρούς φιλοξενεί, καθώς επίσης και για την αδιάλειπτη για τουλάχιστον 100 έτη λειτουργία του. Ιδανικό χωριό για τα ψώνια σας.
Το Λιβάδι είναι το εμπορικό κέντρο την νότιας πλευράς των Κυθήρων. Το παζάρι κάθε Τετάρτη απόγευμα συγκεντρώνει αρκετούς μικροπαραγωγούς και επισκέπτες. Μην παραλείψετε να επισκεφτείτε το γεφύρι του Κατουνίου με τα δώδεκα τόξα, το οποίο και αποτελεί ένα από τα αναρίθμητα έργα των Άγγλων. Το γεφύρι κατασκευάστηκε 2 αιώνες πριν και θεωρείται το μεγαλύτερο πετρόκτιστο γεφύρι των Βαλκανίων. Επισκεφτείτε επίσης το βυζαντινό μουσείο με τα εξαιρετικά εκθέματα και την γλαφυρή ξενάγηση.
Το Διακόφτι, εκτός από λιμάνι του νησιού, διαθέτει και την καλύτερη αμμουδιά των Κυθήρων. Χρυσαφένια αμμουδιά και καταγάλανα νερά και πολλές επιλογές σε καφέ επί της παραλίας. Μην παραλείψετε να επισκεφτείτε το σπήλαιο της Χουστής, όπου πολύ πρόσφατα ανακαλύφθηκαν ανθρώπινα οστά και ευρήματα μεσολιθικής περιόδου. Αξίζει να φωτογραφίσετε το ναυάγιο της περιοχής, καθώς επίσης και να επισκεφτείτε τον ναό του Αγίου Γεωργίου, όπου τα τελευταία χρόνια ανακαλύφθηκαν κεραμικά Μινωικής περιόδου. Η θέα από εκεί προς τον Αβλέμονα είναι μαγευτική. Τέλος, στην ευρύτερη περιοχή υπάρχει και το μοναστήρι της Αγίας Μόνης. Το εκκλησάκι αρχικά χτίστηκε από τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη και εν συνεχεία μετατράπηκε σε μοναστήρι.
Το Καψάλι, στην νότια πλευρά των Κυθήρων, με θέα το μαγευτικό κάστρο, είναι ένα από τα χωριά που αξίζει να επισκεφτείτε ιδιαιτέρως για τις νυχτερινές σας βόλτες. Το πρώτο τουριστικό θέρετρο των Κυθήρων που έγινε ευρέως γνωστό. Θα ήταν καλό να επισκεφτείτε και το εκκλησάκι του Άγιου Γιάννη του Γκρεμνού, όπου λέγεται ότι έχει γραφεί μέρος της Αποκαλύψεως από τον Ευαγγελιστή Ιωάννη.
Οι Kαλοκαιρινές, ένα από τα πλέον γραφικά χωριά των Κυθήρων που αξίζει σίγουρα να επισκεφτείτε για να αντικρύσετε το υπέροχο ηλιοβασίλεμα. Σε κοντινή απόσταση και αφού ακολουθήσετε μια υπέροχη διαδρομή κατά την οποία θα διασχίσετε την τρύπια πέτρα, θα συναντήσετε την Μονή Μυρτιδιωτίσσης, το πιο γνωστό προσκύνημα των Κυθήρων. Η Παναγιά η Μυρτιδιώτισσα γιορτάζεται τόσο στις 15 Αυγούστου, καθώς και στις 24 Σεπτεβρίου. Να επισκεφτείτε το κάτω εκκλησάκι εκεί που φυλάσσεται η αυθεντική εικόνα της Παναγίας, όπου και θα αντικρύσετε πλήθος ταμάτων.
Η Αγία Πελαγία, στην βόρεια πλευρά των Κυθήρων, δίνει την δική της τουριστική νότα, σε μια περιοχή που έχει αναπτυχθεί την τελευταία δεκαετία και δίνει αρκετές επιλογές στον επισκέπτη. Αξιοθέατο που πρέπει να επισκεφτείτε είναι η Κακιά Λαγκάδα.
Η Παλαιόχωρα, η πρώην πρωτεύουσα των Κυθήρων, η αλλιώς η εγκαταλελειμμένη καστροπολιτεία του Αγίου Δημητρίου, η οποία και καταστράφηκε από τον γνωστό πειρατή Barbarossa. Βυζαντινές εκκλησιές σε καθόλου καλή κατάσταση, μαρτυρούν την ιστορία και τον πλούτο της περιοχής, καθώς και τις συμφορές και τις καταστροφές του τόπου. Η θέα στο φαράγγι που οδηγεί στην Κακιά Λαγκάδα, από όπου διείσδυσε ο κατακτητής, είναι εκστατική.